1950-1970 гг.
рис. Интерьер музея - вестибюль с живописными панно кисти В.А. Ватагина

Реорганизация университета в связи с постройкой нового здания для МГУ на Ленинских горах взвалила на Зоомузей очередной груз проблем. Закупаемое новое оборудование для будущих аудиторий Биологического факультета концентрировалось в здании музея, которое опять на время превратилось в складское помещение. В период самого переезда в 1953-1954 гг. музей пришлось даже закрыть для посетителей, настолько его здание мало походило на "храм просвещения". Только в 1955 г., когда Биофак окончательно выехал, все три экспозиционных зала вновь открылись для посетителей.
Большой бедой стал пересмотр должностных окладов в научных учреждениях и ВУЗах: за преподавание и академическую науку стали платить много больше, чем за музейную работу - их как бы разделили на вещи "первого" и "второго" сорта. При этом про науку, которую делали в Зоомузее и за которую его сотрудники получали правительственные награды, почему-то "забыли": музей не включили в перечень научно-исследовательских учреждений.
Однако большинство музейцов сохранило верность своему "дому муз". Точно так же, как и раньше, были обеспечены надлежащим хранением музейные коллекции, так же, как и раньше, приветливо встречались многочисленные специалисты, приходившие работать с коллекциями, - а таковых набирался за год не один десяток.
В таком состоянии Зоомузей просуществовал и 1950-е, и 1960-е годы. За это время вслед за С.С. Туровым (1941-1960 гг.) сменились два директора- в 1960-1963 гг. профессор С.Г. Соин (заведовал кафедрой ихтиологии МГУ и короткое время был деканом Биологического факультета МГУ) и в 1964-1969 гг. профессор Н.А. Гладков.
Это был период некоего "застоя", во время которого плавно и размеренно текла в музее жизнь... А что может быть лучше для хранилища коллекций, собиравшихся более сотни лет, чем стабильность? Пополняются коллекции, с ними приходят работать специалисты из академических и других научных учреждений, пишутся статьи и книги...
Но всякий застой создает видимость благополучия лишь поначалу, затем он ведёт к деградации. Отведённых коллекциям помещений в здании музея стало опять катастрофически не хватать, работающие в музее и приходящие специалисты ютились среди закоулков между шкафами и сундуками, в "клетках" на хорах. Кураторы фондов порой, скрепя сердце, вынуждены были уже отказываться от приёма некоторых поступлений. Это грозило ввергнуть Зоомузей в настоящий кризис, ибо прекращение роста коллекций есть верный признак выпадения всякого музея из непрерывного потока развития классической науки.