Свято-Троицкий Александро-Невский монастырь (в 1797 году получивший почетный титул лавры) ведет историю от освященной в 1713 году на левом берегу Монастырки деревянной Благовещенской церкви. Первоначально здесь же (на месте Лазаревского кладбища – ныне музейного Некрополя XVIII века) строились деревянные и мазанковые кельи, настоятельские покои и другие монастырские службы. В 1715 году Петр I утвердил составленный Д.Трезини “абрис” каменного монастырского строения на правом берегу Монастырки.

Строительство комплекса было начато от каменной двухэтажной церкви, нижний этаж которой освятили как церковь Благовещения Пресвятой Богородицы (она служила усыпальницей, первой здесь была похоронена в 1723 году царица Прасковья Федоровна). Верхний храм был освящен во имя святого великого князя Александра Невского. Сюда 30 августа 1724 года, в третью годовщину Ништадтского мира со Швецией, был торжественно внесен ковчежец со святыми мощами Невского князя.

Для удобной связи с Адмиралтейской частью города от монастыря до Новгородского тракта в 1712–1713 годах монахи прорубили просеку, ставшую впоследствии частью Невского проспекта. В 1724 году при монастыре был разбит сад, построены оранжереи. Просека от Новгородского тракта была обсажена березами. Напротив Благовещенской церкви был построен наплавной, а позднее подъемный мост.

18 декабря 1797 года по повелению императора Павла I монастырь получил статус лавры, подчеркнувший роль обители в духовной, культурной и экономической жизни страны.

В лавре похоронены М.В.Ломоносов, Д.И.Фонвизин, А.В.Суворов, Н.М.Карамзин, В.А.Жуковский, И.А.Крылов, Ф.М.Достоевский, М.И.Глинка, П.И.Чайковский и др. Многие надгробия исполнены такими выдающимися мастерами, как И.П.Мартос или М.И.Козловский (поэтому после закрытия монастыря здесь был устроен “Музей городской скульптуры”). Напротив входа в Троицкий собор находится т.н. Коммунистическая площадка, где покоится около 700 человек, так или иначе связанных с борьбой за установление нового порядка, особенно борцы против религиозных предрассудков. Есть несколько братских могил.

Александро-Невский монастырь задумывался Петром I не только как духовное учреждение. Здесь он предполагал устроить приют для инвалидов Северной войны и душевнобольных, госпиталь. Эти заведения здесь так и не были открыты. Но в 1720 году при монастыре открылась типография, а в 1721 – школа. Лавра стала одним из главных центров православного образования и богословской учености. Изначально существовавшая семинария была в 1797 году была преобразована в Александровскую, а в 1809 – в Санкт-Петербургскую духовную академию.

Закрытые после Октябрьской революции монастырь и академия подверглись обычному для тех лет разорению (была, в частности, изъята пышная серебряная рака Александра Невского (1750–1753), переданная в Эрмитаж). После войны началось постепенное возвращение церковного достояния. В 1946 году в Лавре вновь заработала Духовная академия. 5 апреля 1956 года был открыт для верующих Троицкий собор, где в 1989 году поместили мощи Александра Невского. В 1995 году возобновилась иноческая жизнь.