1917-1930 гг.
рис. Экспозиция музея с 1920-1930-х гг.

В 1920-е гг. Зоомузей, как и вся страна, вступил в пору серьёзных реорганизаций. Глубочайшего уважения заслуживают выпестованные Г.А. Кожевниковым учёные хранители музейных собраний, отдавшие им все свои силы в бурные послереволюционные годы. Сначала это был Н.Н. Плавильщиков, позже - Э.Г. Беккер; с 1925 г. учёным хранителем коллекций позвоночных животных служил В.Г. Гептнер. Во многом именно их заботами бесценные научные коллекции, собранные к тому времени в Зоомузее усилиями многих учёных и испытателей природы, были сохранены для следующих поколений зоологов.
В эти годы при университете с легкостью возникают новые научные и учебные подразделения, многие из них с не меньшей легкостью прекращают своё существование или меняют статус. Это было связано с перерождением классической "университетской" науки в новую "институтскую", отчасти вызванным возрастающей специализацией зоологии, но в немалой степени - всеохватной волной преобразований.
Частью этих преобразований стала весьма странная идея разделения музейной и институтской сфер деятельности. Зоомузею была отведена в основном просветительская роль, так что накопление научных коллекций стало для него побочным занятием: на первом месте - экспозиция, всё прочее - "запасники".
На основе научных лабораторий зоологического и физиологического профиля в 1923 г. по инициативе А.Н. Северцова был создан Научно-исследовательский институт зоологии (НИИЗ), просуществовавший до 1950 г.
Вновь образованные институты стали обрастать своим хозяйством, своими службами, организовывать свои экспедиции, для которых нужно было специальное оборудование, - и всё это размещалось в здании музея. Так, Нижний экспозиционный зал Зоомузея к 1927 г. был фактически превращен в рабочее помещение Плавморбина: там работало до 100 его сотрудников, были расставлены их столы, шкафы, лабораторное и экспедиционное оборудование.
Ситуация обострилась, когда в 1930 г. в связи с организацией Биологического факультета МГУ его руководство также стало претендовать на помещения в здании Зоомузея. Протестовавший против этого профессор Кожевников был уволен, а музей перешёл в подчинение своего детища - НИИЗ, на какое-то время его возглавил научный сотрудник этого института Л.А. Зенкевич (в 1929-1930 гг.).
Между Зоомузеем и НИИЗом сложились довольно сложные отношения. С одной стороны, лаборатории института возглавляли учёные "старой закваски", выросшие в стенах музея и, по мере возможности, сохранявшие прежние традиции. Их сотрудники вместе работали, участвовали в совместно организуемых экспедициях, совместно публиковали результаты своих исследований в Трудах института. С другой стороны, руководство института, развивавшее "новую прогрессивную" науку, с некоторым скепсисом относилось к "морально устаревшим" коллекциям. Разрастающийся НИИЗ, естественно, нуждался в помещениях: так, сотрудники возглавляемой В.В. Алпатовым лаборатории экологии (среди них, между прочим, знаменитые Г.Ф. Гаузе и Н.И. Калабухов), ютились в небольшой комнатке, примыкавшей к туалету. И людям, и музейным коллекциям становилось всё теснее и теснее.
Для решения проблемы с нехваткой места директор НИИЗ А.М. Быховская и её помощник Е.М. Вермель придумали радикальное средство: раздать "дублетный" (т.е. по сути научный) фонд Зоомузея в другие музеи, вузы, школы, не располагающие достаточной материальной базой для обучения подрастающего поколения строителей нового общества. Очевидно, что это означало бы полную ликвидацию Зоомузея как одного из крупнейших отечественных и мировых хранилищ научных зоологических коллекций.
Тогда же возникла идея объединения ("укрупнения") трёх родственных московских музеев - Зоологического, Сравнительной анатомии и Дарвиновского. Директор последнего А.Ф. Котс отстоял самостоятельность своего детища: этот музей и поныне радует посетителей прекрасной экспозицией, теперь уже в новом, специально для него отстроенном здании. Пришлось ограничиться слиянием Зоомузея с Музеем сравнительной анатомии, коль скоро уж они размещались в одном здании. Этому объединению способствовало и то, что Институт сравнительной анатомии усилиями его директора А.Н. Северцова к этому времени обособился от одноимённого музея и из университетского стал академическим под известной в своё время аббревиатурой "ИМЖ" - Институт морфологии животных (ныне Институт проблем экологии и эволюции, ИПЭЭ).