Армянские купцы и ремесленники появились в Санкт-Петербурге сразу по основании города. Вскоре после того, как Екатерина II даровала народам Российской империи свободу отправления церковных обрядов, армянская диаспора обратилась с челобитной о возведении храма на своем участке, недавно полученном от государыни.

Будущему храму предстояло украсить одну из главных улиц города – Невский проспект. За проект взялся крупнейший зодчий Петербурга Юрий Матвеевич Фельтен. Он возвел не только церковное здание, но и доходный дом рядом (№ 42). В этом доме в разное время располагались армянская типография и книжный магазин, жил М.М.Сперанский, завершивший здесь работу над Сводом законов Российской империи, и Ф.И.Тютчев, автора четверостишия “Умом Россию не понять”.

Перед революцией община насчитывала около 2500 человек. В 1930 году храм был закрыт. Сначала его использовали как склад, затем внутреннее пространство было поделено перекрытиями на два этажа. До 1993 году там производили декорации Театра музыкальной комедии. За эти годы памятнику был нанесен значительный урон. После длительной и сложной реставрации храм снова был освящен в 2000 году.