1860-1896 ГГ.

рис. Здания Московского университета на левой стороне
Большой Никитской улицы.

В 1860 г. по инициативе попечителя Московского учебного округа Н.В. Исакова был учрежден Московский публичный музей - его ещё называли "Музеем наук и искусств". К нему был присоединен также и Румянцевский музей, до того влачивший жалкое существование в Санкт- Петербурге: впоследствии он был преобразован в одноименную библиотеку. В Публичный музей, занявший знаменитый "дом Пашкова", с целью быстрейшего его развития было решено передать все университетские коллекции по естественной истории. Коллекции Кабинета в новый музей поступили, но надлежащего надсмотра за ними с самого начала не было налажено из-за отсутствия достаточных денег и штатов. Из-за этого за короткое время нахождения в Публичном музее экспонатам был нанесен существенный ущерб. В конце 1861 г. зоологический раздел Публичного музея был поручен попечению профессора анатолия Петровича Богданова, до того уже несколько лет заведовавшего университетской Кафедрой естественной истории. Год спустя Богданов, выделив самостоятельную Кафедру зоологии, возвратил из Публичного музея в стены Alma mater коллекцию остатков животных, организовав их в Зоологический музей при этой кафедре. Тогда-то музей и получил своё нынешнее официальное название. А.П. Богданов возглавил и кафедру, и музей. Большое значение для развития зоологической науки имела впервые организованная при Кафедре зоологии исследовательская лаборатория, позволившая активнее вовлечь музейные собрания в научную работу. В ее стенах на коллекциях Зоомузея выросло несколько крупных отечественных зоологов, учеников Богданова - Н.В. Насонов (в будущем директор Зоологического музея в Санкт-Петербурге), известные анатомы Н.Ю. Зограф и В.М. Шимкевич, будущий директор московского Зоомузея Г.А. Кожевников. Частью этой общей системы, объединяющей всю университетскую зоологию, стало заведенное Богдановым "штатное разделение" между кафедрой и музеем: при первой числились профессора и приват-доценты, при втором - ассистенты, оставленные для подготовки к профессорскому званию. С именем А.П. Богданова связано начало активной экспедиционной деятельности как основы пополнения коллекций Зоологического музея. Это была эпоха действительно комплексных экспедиций, когда учёные собирали всё - от самых разных беспозвоночных до млекопитающих. Поражает размах и география этих экспедиций: от восточных окраин Сибири до Бесарабии и Западной Европы, Средиземного моря. Основная часть многочисленных сборов этих экспедиций хранится в музеях Санкт-Петербурга, где базировалось Географическое общество, но некоторые попали в Москву. Восприняв от своего предшественника А.Л. Ловецкого здравую идею структуризации музейных фондов, Богданов делит их на научные, экспозиционные и учебные. Это позволило повысить сохранность научных коллекций, которые в новой структуре фондов музея получают центральное место. По примеру крупнейших европейских музеев Богданов завёл единую для музея учётную "Шнуровую книгу". Её официальный статус был настолько высок, что прошнурованные и заранее пронумерованные листы книги с золотым обрезом были подписаны помощником секретаря Совета Московского университета, а последний лист завизирован ректором университета и секретарем упомянутого Совета. В 1880-е гг. была проведена крупная реконструкция музейной экспозиции. Для нее были приобретены новые и отчасти отреставрированы старые витринные шкафы, изменена планировка размещения экспонатов. Для развития таксидермии при Зоомузее в 1884 г. благодаря специально выделенным средствам впервые образовалась собственная мастерская. Заведовать ею был приглашён опытный чучельник И.Ф. Иванов. Из-за всех этих реорганизаций музей пришлось на два года закрыть для публики. В 1886 г. он вновь открыл свои залы для посетителей - правда, только в выходные дни. К началу 90-х годов музей занимал в здании Университета помещение, состоящее из окруженного галереей (хорами) большого двухсветного зала и четырёх комнат. Одна из них была разборочной, другая - передней, третья - аудиторией, четвёртая - кабинетом директора. Научная и демонстрационная коллекции птиц и млекопитающих помещались в основном зале, там же находилась и библиотека. На хорах были расположены рабочие места хранителя, ассистентов и лиц, занимающихся в музее самостоятельно, а также коллекции рептилий, амфибий, рыб и беспозвоночных. Приток в музей значительных коллекций с неизбежностью привёл к вечной проблеме всех хранилищ - острой нехватке помещений. Уже негде стало размещать разросшиеся научные фонды. Из-за тесноты большие затруднения встречало и развитие экспозиции: среди "показных предметов" остались почти только наиболее крупные и привлекательные чучела, а препараты беспозвоночных были убраны на недоступные для посетителей музейные хоры. Стало ясно, что музей не может долее развиваться в прежних стенах, ему нужно новое помещение.