1896-1917 ГГ.
рис. Интерьер Верхнего зала Зоологического музея в начале XX века.

Интерьер Верхнего зала Зоологического музея в начале XX века. Преемник Богданова по заведованию кафедрой и музеем, профессор Александр андреевич Тихомиров в 1896 г. обратился к проекту архитектора К.М. Быковского, разработанному ранее и сначала отвергнутому. С его благословения здание для музея было возведено в кратчайшие сроки - с 1898 по 1901 гг. Часть отстроенного здания по правой стороне Большой Никитской ул. заняли кафедра зоологии вместе с Зоомузеем, по Долгоруковскому переулку (ныне Никитский) - мензбировский институт. В центре здания была оборудована Большая зоологическая аудитория в форме классического амфитеатра: в ней многие годы читались лекции, проводились научные конференции и съезды, заседали общества. Витрины для новой экспозиции были заказаны металлические с зеркальными стеклами, причём для выполнения заказа была избрана известная фирма "Кюншерф с сыновьями" в Дрездене, специализировавшаяся на изготовлении герметичных музейных шкафов. Переезд во вновь отстроенное здание начался незамедлительно. Его сравнительно-анатомическое крыло было освоено уже к концу 1901 г. Научные зоологические коллекции переехали в новое помещение в середине 1902 г. Несмотря на все тяготы, связанные с освоением новых помещений, ни на миг не прекращалась научная работа музея, по-прежнему снаряжались экспедиции в различные концы российских пределов. В 1904 г. кафедру и музей возглавил Григорий Александрович Кожевников, приняв на свои плечи весь груз забот и проблем, связанных с переустройством музея и экспозиции. До этого он служил хранителем и во время возведения нового здания был специально командирован за границу для обстоятельного ознакомления с постановкой музейного и лабораторного дела в главнейших научных центрах Западной Европы. Г.А. Кожевников не только провёл музей без особых потерь через один из самых сложных периодов в его жизни, связанный с освоением новых помещений, но и заложил основы для дальнейшего процветания сего славного учреждения. Он отчётливо осознавал, что музей может нормально существовать только как единое целое трёх составляющих - хранения коллекций, их изучения и их показа, организованных вокруг какой-то одной идеи. Этой идеей для него, как и для его предшественников, была Естественная система. Размещение коллекций и в фондах, и в экспозиции в систематическом порядке, обучение студентов Системе как закону, которому подчинено разнообразие животных, - всё это должно было способствовать формированию правильного естественнонаучного мышления и у будущих специалистов, и у публики. На эти годы приходятся первые, связанные с именем Кожевникова, попытки наладить при музее экспериментальные исследования. Для них было отведено небольшое помещение, в своё время известное среди зоологов как "тёмная комната" (она сохранилась и поныне): в ней проводились опыты над пигментацией у рыб, органами зрения дафний. Позже это направление организационно оформилось в ряд научно-исследовательских институтов, возникших на базе кафедры и музея. Кожевников активнейшим образом вовлекает Зоомузей в педагогический процесс. Демонстрацией музейных экземпляров сопровождались 16 курсов университетских лекций, большие и малые практикумы, на материалах музея работали группы аспирантов. Это тесное взаимодействие имело чрезвычайно большое значение для воспитания "музейного духа" у будущих зоологов, понимания роли музея и музейных коллекций в научной и научно-просветительной деятельности. И результаты не замедлили сказаться. В стенах Зоологического музея сформировалась целая плеяда учёных, ставших впоследствии маститыми профессорами и академиками и составивших славу отечественной зоологии: С.И. Огнев - автор многотомной серии "Звери СССР и прилежащих стран", учебника "Экология животных"; Л.А. Зенкевич - заведующий кафедрой зоологии беспозвоночных МГУ, организатор и директор Института Океанологии аН СССР, организатор издания многотомной "Жизни животных"; С.С. Туров - автор многих научно-популярных книг о жизни зверей и птиц, будущий директор Зоологического музея. Чуть позже к ним добавились В.Г. Гептнер - автор учебника "Общая зоогеография", многотомного издания "Млекопитающие Советского Союза"; профессор С.П. Наумов - заведующий кафедрой зоологии одного из московских педагогических вузов; Н.А. Гладков - будущий директор Зоомузея, декан географического факультета МГУ, автор многих книг по биологии птиц. Работа по подготовке экспозиции в новом здании, отчасти отодвинутая на второй план делами научными, хранительскими и учебными, потребовала значительно большего времени. Верхний зал Зоомузея, в котором была размещена экспозиция по птицам и млекопитающим, был открыт для посетителей только в 1911 г. Нижний же зал, где теперь находятся беспозвоночные, рыбы и рептилии, так и остался необорудованным до начала 20-х гг. Причина, кроме нехватки средств, была проста: публику более интересовали живописные чучела зверей и птиц, нежели блёклые заспиртованные препараты.