Строительство существующего здания Адмиралтейства длилось с 1806 по 1823 годах и производилось по указу Александра I. Здание перестраивал архитектор А.Д.Захаров. Во время этой перестройки были за ненадобностью снесены фортификационные сооружения. Гениальность проекта Захарова состоит в его простоте, точном распределении композиционных акцентов. Разбивка флангов главного фасада симметричными шести- и двенадцатиколонными портиками в ризалитах соответствует членениям боковых фасадов, с небольшим ритмическим сбоем в количестве оконных проемов.

Изменение ширины простенков, чередование простых оконных проемов и сандриков с маскаронами обогащают пластический образ, снимают ощущение монотонности при обходе здания, общая длина фасадов которого составляет 732 метра. Длина главного фасада – 408 метров. Высота башни со шпилем составляет 72 метра, ее украшает кораблик весом в 65 килограмм, который покрыт двумя килограммами чистого золота. Адмиралтейство удивительно цельно и, вместе с тем, динамично.

Триумфальная арка в основании башни повторяется в арочных проемах павильонов со стороны Невы. Барельефы гениев славы, перекрещивающих знамена, над арками и фронтонами боковых фасадов задают тему победы. Скульптурное убранство здания, с аллегорическими изображениями земных стихий, рек, времен года, стран света, месяцев, античных богов и героев, многопланово по своему содержанию. Это гимн торжеству России, строящей победоносный флот, а в широком смысле – символ безграничной вселенной, в тайны которой проникает пытливый человеческий разум.

Изваяния нимф, поддерживающих земную и небесную сферы – волнующий и таинственный образ, сопрягаемый с фигурами Александра Македонского, Пирра, Аякса и Ахилла, олицетворяющих, по-видимому, разные грани человеческой природы в стремлении к славе, познанию, самопожертвованию и героизму. Создававшие скульптуры Адмиралтейства Ф.Ф. Щедрин, И.И. Теребенев, С.С. Пименов, В.И. Демут-Малиновский, А.А. Анисимов выступили достойными соавторами А.Д. Захарова.

В процессе строительства возникали различные осложнения. В 1808 году, когда восточный корпус (Адмиралтейского департамента) был уже вчерне возведен, Александр I велел сократить на 18 метров линию выступа к Неве, чтобы здание не заслоняло вид из кабинета в Зимнем дворце. Захарову пришлось ломать всю стену, так как иначе был бы нарушен строгий ритм чередования оконных проемов и колоннад.

Пятидесятилетний зодчий скончался в 1811 году, когда еще не были завершены работы по западному корпусу. Сокращение ассигнований в связи с начавшейся войной еще на несколько лет затянуло строительство. Неудачи, преследовавшие это творение Захарова, продолжались и в дальнейшем. В 1860-е годы был уничтожен ряд скульптур: статуи рек и материков (замененные якорями на постаментах), изваяния месяцев на фронтонах. С 1880 году, с устройством Адмиралтейской набережной, началась застройка, отрезавшая значительную часть Адмиралтейства от Невы.