Маленький домик был срублен 24–26 мая 1703 г. пленными шведскими плотниками на Фомином (Березовом) острове в месте, указанном самим Петром I.

Как “первоначальный дворец”, Домик использовался лишь летом 1703 года, но его значение неизменно подчеркивалось на протяжении всей истории города. Уже через двадцать лет над ним была возведена первая защитная галерея. С 1742 по 1929 годы в Домике находилась часовня с особо почитаемой в Петербурге чудотворной иконой Спаса Нерукотворного Образа, принадлежавшей Петру I. Существующий кирпичный футляр сооружен в 1844 году. В настоящее время в домике работает музей.